похоже, что нет:
Failed to open /vmfs/volumes/vm-prod13:storage1 (1)/VM-CENTREON/VM-CENTREON-flat.vmdk - [Device or resource busy]

Лицензия NFS на NetApp не обязательна, да и ESX уже становится мало актуален, будущее за ESXi, поэтому ставим (или обновляемся): Virtual Storage Console до версии 2.1.1
Вот анонс: http://communities.netapp.com/community/netapp-blogs/virtualization/blog/2011/09/08/netapp-virtual-storage-console-211–now-available
из него кстати сразу и бросается в глаза поддержка выравнивания партиций для ESXi: “The Monitoring and Host Configuration Tools panel now includes two download buttons for MBR tools: one for ESXi hosts and one for ESX hosts. You must download the correct version for your host operating system”

Далее включаем SSH на ESXi хосте (Configuration -> Software -> Security Profile -> Remote Tech Support (SSH)…)
В vCenter в оснастке NetApp (Tools) скачиваем MBR Tools “For ESXi 4.x and ESXi 5.0″
Закидываем его ESXi хост (например по WinSCP)
Разворачиваем в корень архив: mbrtools_esxi.tgz и все.

После этого доступно сканирование всех vmdk файлов: /opt/ontap/mbrscan –all
и конечно сама процедура выравнивания партиций, вот пример работы:

# /opt/ontap/mbralign /vmfs/volumes/4e29b013-5af79632-9fca-14feb5160713/vs-x1/vs-x1-flat.vmdk

mbrtools esxi version 1.0

Part Type old LBA New Start LBA New End LBA Length in KB
P1 07 63 64 31439206 15719571

NOTICE:
This tool does not check for the existence of Virtual Machine snapshots or linked clones.
The use of this tool on a vmdk file that has a snapshot or linked clone associated with it
can result in unrecoverable data loss and/or data corruption.
Are you sure that no snapshots/linked clones exist for this vmdk? (y/n)y
Creating a backup of /vmfs/volumes/4e29b013-5af79632-9fca-14feb5160713/vs-x1/vs-x1.vmdk
Creating a backup of /vmfs/volumes/4e29b013-5af79632-9fca-14feb5160713/vs-x1/vs-x1-flat.vmdk
Creating a copy the Master Boot Record
Working on partition P1 (3): Starting to migrate blocks from 32256 to 32768.
12801 read ops in 1 sec. 13.02% read (55.34 mB/s). 13.02% written (55.34 mB/s)
….
….
12801 read ops in 1 sec. 99.62% read (53.19 mB/s). 99.62% written (53.19 mB/s)
Working on space not in any partition: Starting to migrate blocks.
100.00 percent complete. 100.00 percent written. .
Making adjustments to /vmfs/volumes/4e29b013-5af79632-9fca-14feb5160713/vs-3300/vs-x1-flat.vmdk.
Adjusting the descriptor file.

Не помню точно, скорее всего можно и так, в любом случае, если не сможет, то не испортит, а просто скажет об этом.

Принимая во внимание следующее:
> Обратите внимание, что VM должна находиться в состоянии power off
Это относится только к mbralign или к mbrscan тоже?